随着区域经济一体化的发展，区域间公交系统的合作与整合得到了越来越广泛的关注。本文提出了一个双层规划模型来描述我国的一类跨区域整合公交系统。在上层问题中，相邻区域的地方公交管理者共同规划和管理跨区域公交线路,以实现跨区域线路上社会福利的最大化。在下层问题中，这些区域的公交运营者相互开放区域市场并联合运营跨区域公交线路，通过相互竞争以实现各自利润的最大化。为获得更加准确的分析结果，所提出的模型详细考虑了乘客的站点拥挤成本和车内拥挤成本。数值结果表明，公交管理者可以通过补贴影响运营者的竞争行为，进而改善跨区公交系统各方参与者的利益。